| 園區廠商 | 產業類別 | 核准日期 |
|---|---|---|
| 弓銓企業股份有限公司 | 精密機械 | 1991年6月13日 |
| 律勝科技股份有限公司 | 電腦及週邊 | 1996年12月5日 |
| 科學城物流股份有限公司 | 其他 | 1998年9月9日 |
| 南茂科技股份有限公司台南廠 | 積體電路 | 1998年11月16日 |
| 宏捷科技股份有限公司 | 通訊 | 1998年12月30日 |
| 能元科技股份有限公司 | 光電 | 1998年12月31日 |
| 台灣神隆股份有限公司 | 生物技術 | 1999年4月16日 |
| 茂迪股份有限公司園區分公司 | 光電 | 1999年6月24日 |
| 全訊科技股份有限公司 | 通訊 | 1999年8月26日 |
| 台灣積體電路製造股份有限公司南科廠 | 積體電路 | 2000年2月14日 |
| 台灣康寧顯示玻璃股份有限公司南科分公司 | 積體電路 | 2000年2月15日 |
| 東曹石英科技股份有限公司 | 積體電路 | 2001年3月6日 |
| 亞洲基因科技股份有限公司 | 生物技術 | 2001年6月27日 |
| 景岳生物科技股份有限公司 | 生物技術 | 2001年7月12日 |
| 聯華電子股份有限公司南科廠 | 積體電路 | 2001年8月30日 |
| 台灣應用材料股份有限公司台南分公司 | 積體電路 | 2001年10月5日 |
| 双美生物科技股份有限公司 | 生物技術 | 2002年1月15日 |
| 萬潤科技股份有限公司 | 精密機械 | 2002年5月10日 |
| 頂正科技股份有限公司 | 光電 | 2002年5月29日 |
| 瀚宇彩晶股份有限公司台南科學園區分公司 | 光電 | 2002年7月5日 |
| 國際日東科技股份有限公司 | 精密機械 | 2002年7月17日 |
| 聯華生技股份有限公司 | 生物技術 | 2002年10月9日 |
| 開物科技股份有限公司 | 精密機械 | 2002年12月5日 |
| 台灣穗高科技股份有限公司 | 精密機械 | 2002年12月20日 |
| 弗侖斯系統股份有限公司 | 精密機械 | 2003年7月21日 |
| 統新光訊股份有限公司 | 通訊 | 2003年8月1日 |
| 帆宣系統科技股份有限公司南科分公司 | 精密機械 | 2003年8月29日 |
| 金穎生物科技股份有限公司南科分公司 | 生物技術 | 2003年10月28日 |
| 港香蘭應用生技股份有限公司 | 生物技術 | 2004年3月12日 |
| 博太生技醫藥股份有限公司 | 生物技術 | 2004年3月23日 |
| 直得科技股份有限公司 | 精密機械 | 2004年4月28日 |
| 廣泰金屬工業股份有限公司高科分公司 | 精密機械 | 2004年9月13日 |
| 中強光電股份有限公司南科分公司 | 光電 | 2004年11月16日 |
| 台灣賽孚思科技股份有限公司 | 光電 | 2005年1月17日 |
| 台灣明尼蘇達光電股份有限公司 | 光電 | 2005年2月3日 |
| 台灣大福高科技設備股份有限公司 | 精密機械 | 2005年4月12日 |
| 喬陞機器股份有限公司 | 精密機械 | 2005年5月18日 |
| 松瑞製藥股份有限公司南科分公司 | 生物技術 | 2005年7月15日 |
| 瀚軒股份有限公司高雄分公司 | 精密機械 | 2005年7月22日 |
| 東捷科技股份有限公司 | 精密機械 | 2005年8月31日 |
| 超淨精密科技股份有限公司 | 精密機械 | 2005年11月7日 |
| 台達電子工業股份有限公司台南分公司 | 光電 | 2005年11月8日 |
| 茂發電子股份有限公司 | 通訊 | 2005年12月9日 |
| 旺矽科技股份有限公司南部分公司 | 積體電路 | 2006年2月15日 |
| 鑫科材料科技股份有限公司路科分公司 | 園區事業 | 2006年4月14日 |
| 國家光電股份有限公司 | 積體電路 | 2006年4月21日 |
| 晶元光電股份有限公司南科廠 | 光電 | 2006年4月27日 |
| 慶康科技股份有限公司 | 積體電路 | 2006年5月2日 |
| 東台精機股份有限公司 | 精密機械 | 2006年6月26日 |
| 由田新技股份有限公司南科分公司 | 精密機械 | 2006年7月11日 |